Anasayfa » Just Ben

Just Ben kategorisindeki yazılar

Kültür Parçacıkları, Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO »

[6 Kas 2018 | 1 Yorum | 34 views ]
Milwaukee, WI – 2

Merhaba,
Uzun zamandır yeni bilgiler paylaşmamışım. E hadi biraz daha eklemeler yapalım.
American Style Wedding
Öncelikle ilk defa katıldığım Amerikan-tarzı düğünle başlamak istiyorum. Labdaki çok iyi bir arkadaşımın düğünü olacaktı. Düğün deyince benim için tamamen bir muallak. Aslında Vietnamlılar ve kendi ülkelerinde kendi kültürlerine uygun olarak yemeğimsi bir düğün ile evlenmiş sayılıyorlar. Ama sadece buradaki arkadaşlarıyla da kutlama yapmak için bir organizasyon düzenlemişler.
Düğün yerine gittik. Zaten çok fazla kisiyi davet etmemişti. Vietnam’dan sadece kendi aileleri gelmiş 10 kisi kadar. Arkadaşları da 20 kisi …

Devamını Oku »

Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[6 Kas 2018 | 1 Yorum | 19 views ]
Saksı/Balkon Bahçeciliği

Merhabalar,
İnsan yaşadığı yeri değiştirince hayatında da bastırılmış hobiler canlanıyormuş. Ben küçüklüğümden beri kendimi bildim bileli annemin çiçekleri vardı, onlar her zaman sulanıp bakılırdı. Yazın tatile mi gidiyoruz, bu çiçeklerin suyu her zaman çözülmesi gereken bir problem olurdu. Bu hep aklımın derinliklerinde duran, devamlı sulamakla yükümlü olduğumuz çiçekler, aslında bende bir hobi oluşturmuş. Bu hobi bastırılmış, bastırılmış, tam da Amerika’da hortlamış. Bu yaz, hatta yazın sonlarına doğru, yetiştirilmiş olarak satılan bitkilerle baslayan maceram çeşitli denemeler ve çeşitli tohum alımları sonucu varlığını …

Devamını Oku »

Ziynet'in Kaleminden, Hem Anne Hem Çocuk »

[22 Haz 2018 | Yorum Yok | 417 views ]
PEV – Pes Ekinovarus

Nasrettin Hoca ağaçtan düşmüş. Ambulans çağıralım filan diyormuş başındaki kalabalık. Yok demiş, bana ambulans değil, ağaçtan düşen birini çağırın. İşte geldim burdayım. Elimden geldiğince yaşadıklarımı ve tavsiyelerimi paylaşacağım. Birilerine faydam olursa ne ala.
Bebeğiniz de PEV olduğunu mu öğrendiniz? O zaman aramıza hoş geldiniz. O tatlış ayaklarla eeeen fazla içli dışlı olan anne-baba adayı olarak çok şanslısınız! Yaklaşık 1 sene aşırı ilgi, daha sonra gittikçe azalan 4 senecik fazla ilgi isteyen ayak bunlar, başka bir şey değil..
Her güzellik pure güzellik olmuyor, …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[29 Mar 2018 | Yorum Yok | 1.555 views ]

GISTIC is one of the important tools in order to get the amplified or deleted regions in copy number variation data. You are giving the required information, and specifying the parameters (I generally preferred the default values), then it gives you the results. Installation is easy, you need to just follow the instructions in Install.txt in this folder.
If you cannot reach this ftp, and don’t have permission for copying files, then most probably you are using Safari; so try another …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[16 Mar 2018 | Yorum Yok | 389 views ]
Useful Unix Commands

Merhabalar,
Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:
Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).
Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:
head -1 file1.txt > output.txt
tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt
bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 368 views ]
Parallel Processing in R – pblapply

Merhaba arkadaslar,
Server’daki bos duran processor’lari zayi etmemek ve ayni zamanda kendi zamanimizi da zayi etmemek icin güzel bir hayat kurtarıcı paket geliyor: pbapply. Aslında apply family’sinden çok farkı yok, bu sebeple tanıdık geliyor ve paralelleştirme için çok rahat bir kullanım sunuyor. Ben ornek olarak pblapply icin kullandigim bir fonksiyonu sizinle paylasacagim:
Once cluster oluşturuyoruz. detectCores() ile gelen uygun processor’larin hepsini kullanmak sıkıntı olabilir. O yüzden -1 demek ideal. Ama server’i sizden baska kullananlar da varsa -4, -5 gibi değiştirebilirsiniz.
Ikinci adimda fonksiyonumuz icin …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 372 views ]
“cannot find -lmariadb” hatası

Server’da CentOS kurulduktan sonra başladık operating sistemi keşfetmeye. Aslında en sevdiğim işletim sistemi ama, hiç server olarak sahip olmamıştım kendisine. Ve tabii ki bioinformatics dünyasının olmazsa olmazı R paketlerini yüklerken, hemen bir sorunla karşılaştım. Yüklemek istediğim paketin dependency’lerinden biri olan RMysql paketi ile ilgili bir sorun:
/usr/bin/ld: cannot find -lmariadb
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RMySQL.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
Cevap olarak çok yanlış işlerle uğraşırken, bir köşede kendi soru sorup kendi cevaplayan bir SO buldum. Kenarda …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam »

[12 Mar 2018 | Yorum Yok | 352 views ]
TeamViewer Second Connection Error

Merhaba arkadaslar,
Hem ofiste hem evde calisma ihtiyacı duydugumuz anda yardimimiza kosan bu güzel programlar sometimes beklenileni yapamiyorlar maalesef. TeamViewer, MAC ile Windows arasında gecisi güzel yaptigi icin tercih sebebimdi. Eğer denediğiniz baska programlar varsa ve MAC ile Windows arasında geçişleri sorunsuz yaptırıyorsa, paylasirsaniz sevinirim tabii ki. Gelelim benim problemime. Ne zaman evden ofisteki bilgisayarıma bağlansam, ilk bağlantımdan sonraki denemelerim hep basarisiz oluyordu. Sifremi yeni bağlantı icin ayni tutmama ragmen durum ayniydi. Sebebi de her bağlantımdan sonra ortaya çıkan “Thanks for …

Devamını Oku »

Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok | 366 views ]
“Neler yemeli”nin bencesi

Merhabalar,
Neler yemeli demişim başlıkta, ama önce neler yememeli ile başlamak istiyorum. Nolursa olsun kızartma ve hazır gıdadan uzak duruyoruz öncelikle. Kapalı bir şey gördük mü kaçıyoruz. Hatta öncelikle biraz akademik bir serzenişte bulunmak istiyorum. Kanser hücreleriyle normal hücreleri kıyaslayarak genlerdeki farkları buluyoruz filan. Bunlar güzel çalışmalar ve bazı genlerde aşırı artış, bazı genlerde aşırı azalma oluyor. Vücudumuzda bir şeylerin genlerin düzenini bozduğu aşikar. Bunlar radyasyondur, strestir, bazı dış etkenlerdir, evet. Ama bana sorarsanız, en önemlilerinden biri de yediklerimiz; yediğimiz her …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok | 344 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

Devamını Oku »