Anasayfa » Just Ben

Just Ben kategorisindeki yazılar

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[29 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 118 views ]

GISTIC is one of the important tools in order to get the amplified or deleted regions in copy number variation data. You are giving the required information, and specifying the parameters (I generally preferred the default values), then it gives you the results. Installation is easy, you need to just follow the instructions in Install.txt in this folder.
If you cannot reach this ftp, and don’t have permission for copying files, then most probably you are using Safari; so try another …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[16 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 92 views ]
Useful Unix Commands

Merhabalar,
Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:
Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).
Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:
head -1 file1.txt > output.txt
tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt
bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 83 views ]
Parallel Processing in R – pblapply

Merhaba arkadaslar,
Server’daki bos duran processor’lari zayi etmemek ve ayni zamanda kendi zamanimizi da zayi etmemek icin güzel bir hayat kurtarıcı paket geliyor: pbapply. Aslında apply family’sinden cok farki yok, ancak çok daha rahat bir kullanım sunuyor. Ben pblapply icin kullandigim bir fonksiyonu sizinle paylasacagim:
Once cluster oluşturuyoruz. detectCores() ile gelen uygun processor’larin hepsini kullanmak sıkıntı olabilir. O yüzden -1 demek ideal. Ama server’i sizden baska kullananlar da varsa -4, -5 gibi değiştirebilirsiniz.
Ikinci adimda fonksiyonumuz icin ihtiyacımız olacak tum user-defined fonksiyonları ve …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 80 views ]
“cannot find -lmariadb” hatası

Server’da CentOS kurulduktan sonra başladık operating sistemi keşfetmeye. Aslında en sevdiğim işletim sistemi ama, hiç server olarak sahip olmamıştım kendisine. Ve tabii ki bioinformatics dünyasının olmazsa olmazı R paketlerini yüklerken, hemen bir sorunla karşılaştım. Yüklemek istediğim paketin dependency’lerinden biri olan RMysql paketi ile ilgili bir sorun:
/usr/bin/ld: cannot find -lmariadb
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RMySQL.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
Cevap olarak çok yanlış işlerle uğraşırken, bir köşede kendi soru sorup kendi cevaplayan bir SO buldum. Kenarda …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam »

[12 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 86 views ]
TeamViewer Second Connection Error

Merhaba arkadaslar,
Hem ofiste hem evde calisma ihtiyacı duydugumuz anda yardimimiza kosan bu güzel programlar sometimes beklenileni yapamiyorlar maalesef. TeamViewer, MAC ile Windows arasında gecisi güzel yaptigi icin tercih sebebimdi. Eğer denediğiniz baska programlar varsa ve MAC ile Windows arasında geçişleri sorunsuz yaptırıyorsa, paylasirsaniz sevinirim tabii ki. Gelelim benim problemime. Ne zaman evden ofisteki bilgisayarıma bağlansam, ilk bağlantımdan sonraki denemelerim hep basarisiz oluyordu. Sifremi yeni bağlantı icin ayni tutmama ragmen durum ayniydi. Sebebi de her bağlantımdan sonra ortaya çıkan “Thanks for …

Devamını Oku »

Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 82 views ]
“Neler yemeli”nin bencesi

Merhabalar,
Neler yemeli demişim başlıkta, ama önce neler yememeli ile başlamak istiyorum. Nolursa olsun kızartma ve hazır gıdadan uzak duruyoruz öncelikle. Kapalı bir şey gördük mü kaçıyoruz. Hatta öncelikle biraz akademik bir serzenişte bulunmak istiyorum. Kanser hücreleriyle normal hücreleri kıyaslayarak genlerdeki farkları buluyoruz filan. Bunlar güzel çalışmalar ve bazı genlerde aşırı artış, bazı genlerde aşırı azalma oluyor. Vücudumuzda bir şeylerin genlerin düzenini bozduğu aşikar. Bunlar radyasyondur, strestir, bazı dış etkenlerdir, evet. Ama bana sorarsanız, en önemlilerinden biri de yediklerimiz; yediğimiz her …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok Kii | 89 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[27 Şub 2018 | Yorum Yok Kii | 126 views ]

Merhaba arkadaşlar,
Amerika’da doktoraya başladığımı daha önce şu yazımda belirtmiştim. Ve tabii ki önemli olduğunu düşündüğüm akademik bilgileri de paylaşmaya devam edeceğim. Doktorada genel bir başlık olarak bioinformatics üzerinde çalışıyorum. Biraz daha alanı küçültürsek, kanser hücrelerinin oluşmasındaki etkileşimler, biomarker’ların bulunması, ilgili fonksiyonelliklerin bulunması diyebiliriz. Şuan üzerinde çalıştığım proje ise kanser alt kategorilerinin tahmin edilmesi ile ilgili. Bu konularla ilgili önemli olduğunu düşündüğüm datasetlerini, data tiplerini, özel olarak soru gelirse ilgili çalışmaları sizlerle paylaşmak isterim. Yakın bir zamanda ise şuan datasını kullanmakta …

Devamını Oku »

Ziynet'in Kaleminden »

[31 Oca 2018 | Yorum Yok Kii | 171 views ]
Tesadüfe İnananlarla Karşılaştım ‘tevafuken’

Çok değer verdiğim yerler var kalbimde. Oraya kimseleri koyamıyorum, çünkü bir kere koyup orada ilelebet kalmasını istiyorum. Zeminini hazırlıyorum, kendimi dizginliyorum, içini huzurla doldurup kapılarını kapatıyorum o yerlerin. Toz olmasın, kimse gelip de bir kere kapısından bile bakmasın. Özel olsun. Ne kadar kişi görürse o kadar değerli değildir. Bazı şeyler ne kadar kişi görürse o kadar değersizleşir. O misal gözden ırak, gönülden ırak mekanlarım var. Kimi yerler sahibini buldu orda. Mesela birçok arkadaşım olabilir, ama çok özel dostlarım var. Bakışından …

Devamını Oku »

Kültür Parçacıkları, Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO »

[31 Oca 2018 | Yorum Yok Kii | 163 views ]
Milwaukee, WI

Merhaba arkadaşlar,
İş hayatı boyunca Amerika’da doktora yapan insanlara gösterilen ekstra ihtişama tanık oldum. Maalesef ki yurtdışında doktora tamamlarsanız Türkiye’de çok daha farklı karşılanıyorsunuz. Amerika’da doktora yapmak akademik anlamda çok fazla şey katıyor, belki bu sebepten; Amerika’da eğitim disiplini farklı, belki bu sebepten.. Bilemiyorum. Verimlilik, işe neler kattığı, ne kadar işini hakkıyla yerine getirdiği filan. Bunlar da yine önemli kriterler, ama eğer Amerika’da doktora yaptıysanız (hatta tamamlamadıysanız bile) farklı muamelede bulunuluyor. 6 aydır Amerika’da yaşıyorum ve doktora yapıyorum. Burada gördüğüm güzellikleri …

Devamını Oku »