Anasayfa » Lectures by Ziynet

Lectures by Ziynet kategorisindeki yazılar

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[29 Mar 2018 | Yorum Yok | 1.485 views ]

GISTIC is one of the important tools in order to get the amplified or deleted regions in copy number variation data. You are giving the required information, and specifying the parameters (I generally preferred the default values), then it gives you the results. Installation is easy, you need to just follow the instructions in Install.txt in this folder.
If you cannot reach this ftp, and don’t have permission for copying files, then most probably you are using Safari; so try another …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[16 Mar 2018 | Yorum Yok | 376 views ]
Useful Unix Commands

Merhabalar,
Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:
Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).
Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:
head -1 file1.txt > output.txt
tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt
bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 351 views ]
Parallel Processing in R – pblapply

Merhaba arkadaslar,
Server’daki bos duran processor’lari zayi etmemek ve ayni zamanda kendi zamanimizi da zayi etmemek icin güzel bir hayat kurtarıcı paket geliyor: pbapply. Aslında apply family’sinden cok farki yok, ancak çok daha rahat bir kullanım sunuyor. Ben pblapply icin kullandigim bir fonksiyonu sizinle paylasacagim:
Once cluster oluşturuyoruz. detectCores() ile gelen uygun processor’larin hepsini kullanmak sıkıntı olabilir. O yüzden -1 demek ideal. Ama server’i sizden baska kullananlar da varsa -4, -5 gibi değiştirebilirsiniz.
Ikinci adimda fonksiyonumuz icin ihtiyacımız olacak tum user-defined fonksiyonları ve …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 348 views ]
“cannot find -lmariadb” hatası

Server’da CentOS kurulduktan sonra başladık operating sistemi keşfetmeye. Aslında en sevdiğim işletim sistemi ama, hiç server olarak sahip olmamıştım kendisine. Ve tabii ki bioinformatics dünyasının olmazsa olmazı R paketlerini yüklerken, hemen bir sorunla karşılaştım. Yüklemek istediğim paketin dependency’lerinden biri olan RMysql paketi ile ilgili bir sorun:
/usr/bin/ld: cannot find -lmariadb
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RMySQL.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
Cevap olarak çok yanlış işlerle uğraşırken, bir köşede kendi soru sorup kendi cevaplayan bir SO buldum. Kenarda …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok | 329 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

Devamını Oku »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[27 Şub 2018 | Yorum Yok | 394 views ]

Merhaba arkadaşlar,
Amerika’da doktoraya başladığımı daha önce şu yazımda belirtmiştim. Ve tabii ki önemli olduğunu düşündüğüm akademik bilgileri de paylaşmaya devam edeceğim. Doktorada genel bir başlık olarak bioinformatics üzerinde çalışıyorum. Biraz daha alanı küçültürsek, kanser hücrelerinin oluşmasındaki etkileşimler, biomarker’ların bulunması, ilgili fonksiyonelliklerin bulunması diyebiliriz. Şuan üzerinde çalıştığım proje ise kanser alt kategorilerinin tahmin edilmesi ile ilgili. Bu konularla ilgili önemli olduğunu düşündüğüm datasetlerini, data tiplerini, özel olarak soru gelirse ilgili çalışmaları sizlerle paylaşmak isterim. Yakın bir zamanda ise şuan datasını kullanmakta …

Devamını Oku »

C / C++ »

[24 Oca 2012 | Yorum Yok | 2.263 views ]
C / C++ Courses ? 14 (Break & Continue)

We can understand this just with an example:

for(x=1; x<10; x++){ if(x==5) break; //exits from loop } printf(?x = %d ?, x); // this will print ?x=5? x=3; while(x<10){ if(x==5) continue; //continue with next iteration of the loop printf(?...

Devamını Oku »

Japonca »

[14 Eyl 2011 | 2 Yorum | 2.354 views ]
Japonca Dersi / Dai 2-ka

 

Dai 2-ka (2.Ders)
Kono + isim : bu ?
 
Kore wa ? des (Bu ?dır)
Sore wa ? des (Şu ?dır)
Are wa ? des (O ?dır)
 
Kore wa konpyuutaa des. (Bu bilgisayardır.)
Kore wa watashi no konpyuutaa dewa arimasen. (Bu benim bilgisayarım değildir…

Devamını Oku »

C / C++ »

[6 Eyl 2011 | Yorum Yok | 1.676 views ]
C / C++ Courses ? 13 (Switch)

Switch is a selection structure just like if, if/else. It is not a repetition structure. Important points of using switch:
? We use switch while checking one variable with different outcomes with more than one value.

? It should be equality. Comparison (< or >) won’t work with switch.

? In switch, only integer can be used, not other types. But character is also acceptable, because as you know, character has also an integer value which is ASCII code. So we can say,

Devamını Oku »

C / C++ »

[5 Eyl 2011 | Yorum Yok | 1.616 views ]
C / C++ Courses ? 12 (Do/While and Comparison of Loops)

After a long time, i have started to continue this course. Because i got some mails which want me to complete this course. Even if there is someone who benefits this course, it is enough for me to be willing to continue. Let’s continue then;)

Do/While

Let’s try one example with 3 different loops that we have learned before. Also this example will remind us how to use loops.

(1) int x=1;

while(x<=10){ ...

Devamını Oku »