Anasayfa » Mühendis Çantam, Bioinformatics

Useful Unix Commands

16 Mart 2018 192 views Yorum Yok Kii

Merhabalar,

Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:

Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).

Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:

head -1 file1.txt > output.txt

tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt

bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz bir uzantıya uygulayabilirsiniz):

cp *.txt New

cp */*.txt New // bir alt klasor de oluyor

txt uzantılı tum nested dosyalari “New” klasörüne kopyalamak icin:

cp **/*.txt New // copy all nested .idat files to the folder New

Herhangi bir dosyanın satir sayısı icin:

wc -l filename // line count of a file

Eğer kesintisiz bir sekilde komutunuzun calismasini istiyorsanız:

nohup command

Hem nohup kullanip hem arkaplanda calistirmak icin:

nohup command &

Nohup’la calisan komutun ciktisini gormek icin:

Tail -f nohup.out

Tum calisan prosesleri görmek icin:

Ps xw

ps -f

jobs

jobs -ps

PERL’le ilgili prosesleri görmek icin:

ps aux | grep perl //perl related processes or you can change to R, or any other thing you want

R ile ilgili tum prosesleri iptal etmek icin:

 

Killall -9 R

Siz kendi ihtiyacınıza gore guncellersiniz.

Selamlar

Yoruma Açığız! :)

Be nice. İçeriği çirkin olmadığı sürece her yoruma, öneriye ve soruya "evet" :)

Etiketler: , , , , , , , ,