Homepage » Mühendis Çantam

Articles for 'Mühendis Çantam'

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[27 Jun 2022 | No comments | 3 views ]
CRINET: A computational tool to infer genome-wide competing endogenous RNA (ceRNA) interactions

CRINET (CeRna Interaction NETwork)

A computational tool to infer genome-wide competing endogenous RNA (ceRNA) interactions and groups

CRINET Pipeline.

To learn more about CRINET, read our paper at: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0251399

Github link for the tool: https://github.com/ziynet/Crinet

How to cite CRINET

Bibtex: @article{kesimoglu2021crinet, title={Crinet: A computational tool to infer genome-wide competing endogenous RNA (ceRNA) interactions}, author={Kesimoglu, Ziynet Nesibe and Bozdag, Serdar}, journal={Plos one}, volume={16}, number={5}, pages={e0251399}, …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[29 Mar 2018 | No comments | 2,107 views ]

GISTIC is one of the important tools in order to get the amplified or deleted regions in copy number variation data. You are giving the required information, and specifying the parameters (I generally preferred the default values), then it gives you the results. Installation is easy, you need to just follow the instructions in Install.txt in this folder.
If you cannot reach this ftp, and don’t have permission for copying files, then most probably you are using Safari; so try another …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[16 Mar 2018 | No comments | 507 views ]
Useful Unix Commands

Merhabalar,
Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:
Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).
Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:
head -1 file1.txt > output.txt
tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt
bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | No comments | 492 views ]
Parallel Processing in R – pblapply

Merhaba arkadaslar,
Server’daki bos duran processor’lari zayi etmemek ve ayni zamanda kendi zamanimizi da zayi etmemek icin güzel bir hayat kurtarıcı paket geliyor: pbapply. Aslında apply family’sinden çok farkı yok, bu sebeple tanıdık geliyor ve paralelleştirme için çok rahat bir kullanım sunuyor. Ben ornek olarak pblapply icin kullandigim bir fonksiyonu sizinle paylasacagim:
Once cluster oluşturuyoruz. detectCores() ile gelen uygun processor’larin hepsini kullanmak sıkıntı olabilir. O yüzden -1 demek ideal. Ama server’i sizden baska kullananlar da varsa -4, -5 gibi değiştirebilirsiniz.
Ikinci adimda fonksiyonumuz icin …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | No comments | 534 views ]
“cannot find -lmariadb” hatası

Server’da CentOS kurulduktan sonra başladık operating sistemi keşfetmeye. Aslında en sevdiğim işletim sistemi ama, hiç server olarak sahip olmamıştım kendisine. Ve tabii ki bioinformatics dünyasının olmazsa olmazı R paketlerini yüklerken, hemen bir sorunla karşılaştım. Yüklemek istediğim paketin dependency’lerinden biri olan RMysql paketi ile ilgili bir sorun:
/usr/bin/ld: cannot find -lmariadb
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RMySQL.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
Cevap olarak çok yanlış işlerle uğraşırken, bir köşede kendi soru sorup kendi cevaplayan bir SO buldum. Kenarda …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam »

[12 Mar 2018 | No comments | 475 views ]
TeamViewer Second Connection Error

Merhaba arkadaslar,
Hem ofiste hem evde calisma ihtiyacı duydugumuz anda yardimimiza kosan bu güzel programlar sometimes beklenileni yapamiyorlar maalesef. TeamViewer, MAC ile Windows arasında gecisi güzel yaptigi icin tercih sebebimdi. Eğer denediğiniz baska programlar varsa ve MAC ile Windows arasında geçişleri sorunsuz yaptırıyorsa, paylasirsaniz sevinirim tabii ki. Gelelim benim problemime. Ne zaman evden ofisteki bilgisayarıma bağlansam, ilk bağlantımdan sonraki denemelerim hep basarisiz oluyordu. Sifremi yeni bağlantı icin ayni tutmama ragmen durum ayniydi. Sebebi de her bağlantımdan sonra ortaya çıkan “Thanks for …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | No comments | 401 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[27 Feb 2018 | No comments | 492 views ]

Merhaba arkadaşlar,
Amerika’da doktoraya başladığımı daha önce şu yazımda belirtmiştim. Ve tabii ki önemli olduğunu düşündüğüm akademik bilgileri de paylaşmaya devam edeceğim. Doktorada genel bir başlık olarak bioinformatics üzerinde çalışıyorum. Biraz daha alanı küçültürsek, kanser hücrelerinin oluşmasındaki etkileşimler, biomarker’ların bulunması, ilgili fonksiyonelliklerin bulunması diyebiliriz. Şuan üzerinde çalıştığım proje ise kanser alt kategorilerinin tahmin edilmesi ile ilgili. Bu konularla ilgili önemli olduğunu düşündüğüm datasetlerini, data tiplerini, özel olarak soru gelirse ilgili çalışmaları sizlerle paylaşmak isterim. Yakın bir zamanda ise şuan datasını kullanmakta …

Read the rest.. »

Mühendis Çantam »

[30 Apr 2014 | No comments | 4,032 views ]

Merhaba,
Fatih Üniversitesi’nde yüksek lisans tezi yazmakta iken üniversitenin hazır latex şablonu olmadığını öğrendim. Word ile uğraşmaktansa şablonu oluşturayım dedim. MIT’nin örnek şablonu üzerinde değişiklikler yaparak hedefe yaklaşmaktayım. Henüz daha bitmedi, hatta yeni başladım, ona göre.ama v0.1’i koydum. Elinde üniversitenin formatına uygun latex şablonu olan varsa beni uğraştırmayabilirsiniz ama:)
V0.2’yi sıfırdan ODTÜ’nün template örneğini değiştirerek yaptım. MIT’ninkinden daha user-friendly. Page numbering ve indentation kısımlarında eksikler var. Margin’lerden de bazıları düzenlenecek. Kullanacak olanların haberi olsun.

Read the rest.. »

Mühendis Çantam »

[19 Apr 2014 | No comments | 2,857 views ]
NLP / Author Prediction

Hi everyone, I have already explained my NLP project in detail here. However, some friends sent me an e-mail about that they do not know Turkish, so they do not understand the content well. Therefore I shared this article which is written for project presentation of master course “Natural Language Processing”. Here it is:
I hope it is useful for you.
See you!

Read the rest.. »