Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[8 Mar 2018 | No comments | 497 views ]
“Neler yemeli”nin bencesi

Merhabalar,
Neler yemeli demişim başlıkta, ama önce neler yememeli ile başlamak istiyorum. Nolursa olsun kızartma ve hazır gıdadan uzak duruyoruz öncelikle. Kapalı bir şey gördük mü kaçıyoruz. Hatta öncelikle biraz akademik bir serzenişte bulunmak istiyorum. Kanser hücreleriyle normal hücreleri kıyaslayarak genlerdeki farkları buluyoruz filan. Bunlar güzel çalışmalar ve bazı genlerde aşırı artış, bazı genlerde aşırı azalma oluyor. Vücudumuzda bir şeylerin genlerin düzenini bozduğu aşikar. Bunlar radyasyondur, strestir, bazı dış etkenlerdir, evet. Ama bana sorarsanız, en önemlilerinden biri de yediklerimiz; yediğimiz her …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | No comments | 401 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[27 Feb 2018 | No comments | 492 views ]

Merhaba arkadaşlar,
Amerika’da doktoraya başladığımı daha önce şu yazımda belirtmiştim. Ve tabii ki önemli olduğunu düşündüğüm akademik bilgileri de paylaşmaya devam edeceğim. Doktorada genel bir başlık olarak bioinformatics üzerinde çalışıyorum. Biraz daha alanı küçültürsek, kanser hücrelerinin oluşmasındaki etkileşimler, biomarker’ların bulunması, ilgili fonksiyonelliklerin bulunması diyebiliriz. Şuan üzerinde çalıştığım proje ise kanser alt kategorilerinin tahmin edilmesi ile ilgili. Bu konularla ilgili önemli olduğunu düşündüğüm datasetlerini, data tiplerini, özel olarak soru gelirse ilgili çalışmaları sizlerle paylaşmak isterim. Yakın bir zamanda ise şuan datasını kullanmakta …

» »

Ziynet'in Kaleminden »

[31 Jan 2018 | No comments | 726 views ]
Tesadüfe İnananlarla Karşılaştım ‘tevafuken’

Çok değer verdiğim yerler var kalbimde. Oraya kimseleri koyamıyorum, çünkü bir kere koyup orada ilelebet kalmasını istiyorum. Zeminini hazırlıyorum, kendimi dizginliyorum, içini huzurla doldurup kapılarını kapatıyorum o yerlerin. Toz olmasın, kimse gelip de bir kere kapısından bile bakmasın. Özel olsun. Ne kadar kişi görürse o kadar değerli değildir. Bazı şeyler ne kadar kişi görürse o kadar değersizleşir. O misal gözden ırak, gönülden ırak mekanlarım var. Kimi yerler sahibini buldu orda. Mesela birçok arkadaşım olabilir, ama çok özel dostlarım var. Bakışından …

» »

Kültür Parçacıkları, Flash Flash !!, Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO »

[31 Jan 2018 | 1 Comment | 924 views ]
Milwaukee, WI

Merhaba arkadaşlar,
İş hayatı boyunca Amerika’da doktora yapan insanlara gösterilen ekstra ihtişama tanık oldum. Maalesef ki yurtdışında doktora tamamlarsanız Türkiye’de çok daha farklı karşılanıyorsunuz. Amerika’da doktora yapmak akademik anlamda çok fazla şey katıyor, belki bu sebepten; Amerika’da eğitim disiplini farklı, belki bu sebepten.. Bilemiyorum. Verimlilik, işe neler kattığı, ne kadar işini hakkıyla yerine getirdiği filan. Bunlar da yine önemli kriterler, ama eğer Amerika’da doktora yaptıysanız (hatta tamamlamadıysanız bile) farklı muamelede bulunuluyor. 6 aydır Amerika’da yaşıyorum ve doktora yapıyorum. Burada gördüğüm güzellikleri …

» »

Ziynet'in Kaleminden, Hem Anne Hem Çocuk »

[6 Jan 2018 | 1 Comment | 610 views ]
Hamile Arkadaşlara İthafen

Merhaba arkadaşlar,
Uzun zaman blogumdan ayrı kalmış olsam da bugün itibariyle yeniden yazmaya başlamış bulunmaktayım. Bu başlangıcı da blog yazmaktan beni alıkoyan baş faktöre temas etmeden yapamazdım. Suçlular evlilik hazırlıkları ve hamilelik telaşesi arkadaşlar:) Bu vesileyle hem hamile arkadaşlara birkaç öneride bulunmak; hem de hamilelikte var olan aşırı gerginliğe gerginlik ekleyen, şahsen tanık olduğum konularda sizleri rahatlatmak için bu yazıyı yazıyorum. Umarım birilerine faydası dokunur.
Hamile kalır kalmaz doktorlar da dahil olmak üzere her tecrübeli(!) insandan duyduğum ve hamile olmadan önce içmeye …

» »

Ziynet'in Kaleminden »

[5 Dec 2017 | 4 Comments | 610 views ]

Eveet, haftaya olan finallerimi de atlattiktan sonra bloguma hak ettigi ozeni gosterecegim, i hope. Birazcik reklam yapmis olayim gelmeden once 🙂 gorusuruz gencleeer

» »

Mühendis Çantam »

[30 Apr 2014 | No comments | 4,032 views ]

Merhaba,
Fatih Üniversitesi’nde yüksek lisans tezi yazmakta iken üniversitenin hazır latex şablonu olmadığını öğrendim. Word ile uğraşmaktansa şablonu oluşturayım dedim. MIT’nin örnek şablonu üzerinde değişiklikler yaparak hedefe yaklaşmaktayım. Henüz daha bitmedi, hatta yeni başladım, ona göre.ama v0.1’i koydum. Elinde üniversitenin formatına uygun latex şablonu olan varsa beni uğraştırmayabilirsiniz ama:)
V0.2’yi sıfırdan ODTÜ’nün template örneğini değiştirerek yaptım. MIT’ninkinden daha user-friendly. Page numbering ve indentation kısımlarında eksikler var. Margin’lerden de bazıları düzenlenecek. Kullanacak olanların haberi olsun.

» »

Mühendis Çantam »

[19 Apr 2014 | No comments | 2,857 views ]
NLP / Author Prediction

Hi everyone, I have already explained my NLP project in detail here. However, some friends sent me an e-mail about that they do not know Turkish, so they do not understand the content well. Therefore I shared this article which is written for project presentation of master course “Natural Language Processing”. Here it is:
I hope it is useful for you.
See you!

» »

Mühendis Çantam »

[19 Apr 2014 | 2 Comments | 3,192 views ]
xFig ve Latex

Merhaba,
Latex içerisinde resim çizmek, özellikle diagram çizmek istiyorsanız XFig programını önerebilirim. Ben CentOS 6 işletim sistemim için kurulumu yaptım. Latex içerisinde, Latex formülleri içeren XFig çıktısını kullandım. Bazı siteler anlatma konusunda yetersiz kalmış. Net bir şekilde anlatmış olayım.
Öncelikle XFig’in kurulumu ile başlayalım:
1- Terminali açıyorsunuz, root oluyorsunuz, “yum install xfig” yazıyorsunuz, program yükleniyor.
2- Programı latex komutlarını düzgün gösterecek şekilde açabilmek için, terminale “xfig -specialtext -latesfonts -startlatexFont default” yazıyorsunuz. Programın devamlı bu formatta açılmasını istiyorsanız konfigürasyon dosyasını bulup güncelleyebilirsiniz.
3- XFig programını açtınız. …

» »