[31 Oca 2018 | 1 Yorum | 636 views ]
Milwaukee, WI

Merhaba arkadaşlar,
İş hayatı boyunca Amerika’da doktora yapan insanlara gösterilen ekstra ihtişama tanık oldum. Maalesef ki yurtdışında doktora tamamlarsanız Türkiye’de çok daha farklı karşılanıyorsunuz. Amerika’da doktora yapmak akademik anlamda çok fazla şey katıyor, belki bu sebepten; Amerika’da eğitim disiplini farklı, belki bu sebepten.. Bilemiyorum. Verimlilik, işe neler kattığı, ne kadar işini hakkıyla yerine getirdiği filan. Bunlar da yine önemli kriterler, ama eğer Amerika’da doktora yaptıysanız (hatta tamamlamadıysanız bile) farklı muamelede bulunuluyor. 6 aydır Amerika’da yaşıyorum ve doktora yapıyorum. Burada gördüğüm güzellikleri …

» »

Kültür Parçacıkları, Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO »

[6 Kas 2018 | 1 Yorum | 17 views ]

Merhaba,
(Yazim hatalarınin sebebi klavyem, en kısa zamanda düzelteceğim. Ve resimle renklendireceğim. Simdilik idare edin:) )
Uzun zamandır yeni bilgiler paylasmamisim. E hadi biraz daha eklemeler yapalım.
American Style Wedding
Öncelikle ilk defa katildigim Amerikan-tarzi düğünle baslamak istiyorum. Labdaki cok iyi bir arkadasimin dugunu olacakti. Dugun deyince benim icin tamamen bir muallak. Aslında Vietnamlilar ve kendi ülkelerinde kendi kültürlerine uygun olarak yemegimsi bir düğün ile evlenmiş sayılıyorlar. Ama sadece buradaki arkadaşlarıyla da kutlama yapmak icin bir organizasyon düzenlemişler.
Düğün yerine gittik. Zaten çok fazla kisiyi …

» »

Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[6 Kas 2018 | 1 Yorum | 12 views ]

Merhabalar,
(Yazim hataları var, hep klavye yüzünden 🙂 En kısa zamanda guncelleyecegim..)
Insan yasadigi yeri değiştirince hayatında da bastirilmis hobiler canlanıyormuş. Ben küçüklüğümden beri kendimi bildim bileli annemin çiçekleri vardı, onlar her zaman sulanıp bakılırdi. Yazin tatile mi gidiyoruz, bu çiçeklerin suyu her zaman çözülmesi gereken bir problem olurdu. Bu hep aklimin derinliklerinde duran, devamli sulamakla yükümlü oldugumuz çiçekler, aslında bende bir hobi oluşturmuş. Bu hobi bastirilmis, bastirilmis, tam da Amerika’da hortlamış. Bu yaz, hatta yazin sonlarına doğru, yetiştirilmiş olarak satılan bitkilerle …

» »

Ziynet'in Kaleminden, Hem Anne Hem Çocuk »

[22 Haz 2018 | Yorum Yok | 388 views ]

Nasrettin Hoca ağaçtan düşmüş. Ambulans çağıralım filan diyormuş başındaki kalabalık. Yok demiş, bana ambulans değil, ağaçtan düşen birini çağırın. İşte geldim burdayım. Elimden geldiğince yaşadıklarımı ve tavsiyelerimi paylaşacağım. Birilerine faydam olursa ne ala.
Her güzellik pure güzellik olmuyor, biraz insan sınanıyor, biraz daha fazla birbirine bağlanıp teselli oluyor. Hele bebek gibi bir güzellik.. Allah çaresiz dert vermesin, Allah kimseyi çocuğuyla imtihan etmesin. Yaşarken çok büyük gelebiliyor olaylar, hele hamileyken. Ama üzülmek gibi bir lüksü yok bir hamilenin, bebeğe en büyük zararı …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[29 Mar 2018 | Yorum Yok | 1.540 views ]

GISTIC is one of the important tools in order to get the amplified or deleted regions in copy number variation data. You are giving the required information, and specifying the parameters (I generally preferred the default values), then it gives you the results. Installation is easy, you need to just follow the instructions in Install.txt in this folder.
If you cannot reach this ftp, and don’t have permission for copying files, then most probably you are using Safari; so try another …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[16 Mar 2018 | Yorum Yok | 386 views ]
Useful Unix Commands

Merhabalar,
Benim de çok kullandigim, muhtemelen büyük datalarla uğraşan cogu kisinin de ihtiyacı olan basic komutları paylaşıyorum:
Birden fazla ayni tip dosyayı birleştirmek icin, once herhangi bir dosyadan ilk satiri okuyup ciktiya yazıyorum. Daha sonra tum dosyalarin (ben burada dosya adinin file ile baslayan herhangi bir txt dosyası olmasını istedim) 2.satirindan sonuna kadar olan kismi ciktiya ekliyorum (append).
Sadece bir header kullanarak birçok dosyayı birleştirmek:
head -1 file1.txt > output.txt
tail -n +2 -q file*.txt >> output.txt
bulunduğunuz klasördeki tum txt uzantili New klasörüne kopyalamak icin (siz istediğiniz …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 366 views ]
Parallel Processing in R – pblapply

Merhaba arkadaslar,
Server’daki bos duran processor’lari zayi etmemek ve ayni zamanda kendi zamanimizi da zayi etmemek icin güzel bir hayat kurtarıcı paket geliyor: pbapply. Aslında apply family’sinden çok farkı yok, bu sebeple tanıdık geliyor ve paralelleştirme için çok rahat bir kullanım sunuyor. Ben ornek olarak pblapply icin kullandigim bir fonksiyonu sizinle paylasacagim:
Once cluster oluşturuyoruz. detectCores() ile gelen uygun processor’larin hepsini kullanmak sıkıntı olabilir. O yüzden -1 demek ideal. Ama server’i sizden baska kullananlar da varsa -4, -5 gibi değiştirebilirsiniz.
Ikinci adimda fonksiyonumuz icin …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[15 Mar 2018 | Yorum Yok | 368 views ]
“cannot find -lmariadb” hatası

Server’da CentOS kurulduktan sonra başladık operating sistemi keşfetmeye. Aslında en sevdiğim işletim sistemi ama, hiç server olarak sahip olmamıştım kendisine. Ve tabii ki bioinformatics dünyasının olmazsa olmazı R paketlerini yüklerken, hemen bir sorunla karşılaştım. Yüklemek istediğim paketin dependency’lerinden biri olan RMysql paketi ile ilgili bir sorun:
/usr/bin/ld: cannot find -lmariadb
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RMySQL.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’
Cevap olarak çok yanlış işlerle uğraşırken, bir köşede kendi soru sorup kendi cevaplayan bir SO buldum. Kenarda …

» »

Mühendis Çantam »

[12 Mar 2018 | Yorum Yok | 352 views ]
TeamViewer Second Connection Error

Merhaba arkadaslar,
Hem ofiste hem evde calisma ihtiyacı duydugumuz anda yardimimiza kosan bu güzel programlar sometimes beklenileni yapamiyorlar maalesef. TeamViewer, MAC ile Windows arasında gecisi güzel yaptigi icin tercih sebebimdi. Eğer denediğiniz baska programlar varsa ve MAC ile Windows arasında geçişleri sorunsuz yaptırıyorsa, paylasirsaniz sevinirim tabii ki. Gelelim benim problemime. Ne zaman evden ofisteki bilgisayarıma bağlansam, ilk bağlantımdan sonraki denemelerim hep basarisiz oluyordu. Sifremi yeni bağlantı icin ayni tutmama ragmen durum ayniydi. Sebebi de her bağlantımdan sonra ortaya çıkan “Thanks for …

» »

Ziynet'in Kaleminden, Amerika'dan XOXO, Hem Anne Hem Çocuk »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok | 353 views ]
“Neler yemeli”nin bencesi

Merhabalar,
Neler yemeli demişim başlıkta, ama önce neler yememeli ile başlamak istiyorum. Nolursa olsun kızartma ve hazır gıdadan uzak duruyoruz öncelikle. Kapalı bir şey gördük mü kaçıyoruz. Hatta öncelikle biraz akademik bir serzenişte bulunmak istiyorum. Kanser hücreleriyle normal hücreleri kıyaslayarak genlerdeki farkları buluyoruz filan. Bunlar güzel çalışmalar ve bazı genlerde aşırı artış, bazı genlerde aşırı azalma oluyor. Vücudumuzda bir şeylerin genlerin düzenini bozduğu aşikar. Bunlar radyasyondur, strestir, bazı dış etkenlerdir, evet. Ama bana sorarsanız, en önemlilerinden biri de yediklerimiz; yediğimiz her …

» »

Mühendis Çantam, Bioinformatics »

[8 Mar 2018 | Yorum Yok | 342 views ]
Reading Huge Files in PERL

Merhaba arkadaşlar,
Bioinformatics dünyasına girene kadar kullandığım yazılım dilleri istediğim her şeyi yapmaya yetiyordu, bitirme tezleri dışında. Ancak bioinformatics demek genler demek, genler demek etkileşimler demek derken, ucu bucağı gözükmeyen deryalarda buluyor insan kendini. Yine bioinformatics’ten dolayı başladığım bir yazılım dili olan R, gayet iyi hoş. Ancak veri preprocessing kısımlarında yetersiz kalıyor. Bu sebeple bir script ihtiyacına binaen PERL‘ü seçtim. Eğer daha hızlı ve daha güzel olduğunu düşündüğünüz bir dil varsa, önerilere açığım. Çünkü PERL’de daha çok yeniyim, hiiiç arkama bakmadan …

» »